A estrutura organizativa da FDTI é a seguinte:

• Conselho de Fundadores;
• Conselho Fiscal;
• Conselho de Administração;
• Secretariado do Conselho de Administração;
• Gabinete Jurídico;
• Gabinete Controlo de Gestão;
• Gabiente Infra-Estrutura;
• Área Sistemas de Informação;
• Área Financeira;
• Área Marketing;
• Área Qualidade;
• Área Formação;
• Área Pessoas;
• Delegações Distritais e Regionais.